LAucun autre travail n'a été effectué jsuqu'en 1989 alors que sous l'impulsion du père Dominique Aubert, le grand-orgue a été restauré par Daniel Birouste, facteur d'orgue à Plaisance, et inauguré par François-Henri Houbart, organiste de la Madeleine. De 1979 à 1989, l'orgue ne jouait quasiment plus, avec de longs passages complètement muets. Avec un budget serré, il a réussi dans la mesure de ses moyens à faire rechanter cet instrument. Malheureusement, n'ayant pas eu tous les soins dont il avait besoin l'orgue est très vite retombé malade. Aujourd'hui, soigné par le facteur d'orgues François Delangue, l'orgue fonctionne correctement. Mais une restauration totale de la mécanique, des équerres, de la soufflerie et des sommiers est nécessaire. Sur le plan sonore, il s'agit très certainement de l'un des plus beaux Cavaillé-Coll. L'instrument est mondialement connu des amateurs d'orgues et il est très courant de recevoir des visites d'organistes et de facteurs d'orgues étrangers qui souhaitent le voir et l'entendre, principalement pour sa batterie d'anches. En effet, avec seulement 26 jeux, cet instrument est capable de remplir l'édifice, pourtant immense, et peu d'orgues peuvent donner une telle puissance. Même le jeu le plus doux est perçu clairement, et ce à n'importe quel endroit de l'église. L'architecture métallique de la voûte y est peut-être pour quelque chose, du moins dans la propagation du son. Le fait aussi que le plancher de la tribune soit creux ajoute aussi à la rondeur et au volume du son. Le buffet de droite contient les tuyaux du clavier de grand orgue, en hauteur. Dans le soubassement se trouvent la mécanique, une partie de la soufflerie et la machine Barker.

Le buffet de gauche contient le récit, dont les tuyaux sont enfermés dans une boîte. Cette boîte est munie de volets, que l'on ouvre ou ferme par une pédale d'expression, à la console. Juste à côté se trouve un grand vide qui devait contenir les 11 jeux du positif. Au fond de la tribune se trouve la pédale, répartie de chaque côté avec au centre le grand soufflet principal. Les tuyaux de pédale sont à l'air libre. Les plus grands tuyaux (16 pieds) font à peu près 5,5 mètres (18 pieds) de haut sur une section de 45 centimètres (1,5 pied) de large, ce qui est assez exceptionnel comme taille. C'est certainement un des seuls Cavaillé-Coll à être resté dans son état d'origine, tel qu'il a été construit en 1872. La seule vraie modification est la transformation du jeu de l'Octave 4' du clavier de grand-orgue en jeu de Quinte et la modification de la progression du Plein-jeu, tout à fait réparable. Rien n'a été changé, si ce n'est l'alimentation en vent qui se fait maintenant par un moteur électrique, ayant remplacé l'unique personne qu'il fallait alors pour alimenter la soufflerie à 1 paire de pompes alternatives commandée aux pieds. La qualité exceptionnelle de la partie sonore, le fait qu'il soit complètement authentique, tout cela fait qu'il a été classé « Monument Historique » et relève donc du patrimoine national.